士兵潛藏在木馬之中，以便當木馬成功進入特洛伊城時，進行內外夾攻突擊，這便是著名的特洛伊木馬屠城記，而在多年後的今日，大家常常聽到「木馬程式」，其實便是以當年的特洛伊木馬屠城記而命名。
木馬程式的概念
木馬程式（Trojan Horse）通過將惡意程式藏在有用及正常的軟件當中，然後跟隨軟件傳送到目標系統，誘使用戶執行檔案後，從而將隱藏在軟件之中的惡意程式一併執行，情況就有如當年士兵通過木馬進行掩護，待入城後從木馬之中跳出來進行攻擊的原理一樣，所以現今的木馬程式，其命名正反映出病毒本身的行為。
入侵過程
一般木馬程式大致上可分為客户端以及伺服器端，駭客會先把客户端的程式透過隱藏在正常檔案、軟件背後，從而向目標發送有關的軟件，希望最終能誘使目標執行該軟件而達致「中毒」；而伺服器端則主要安裝在駭客一方的電腦之中，其作用就是能與客户端進行連接，以便進行各種的指令發送及對目標系統作更佳的操控。由於木馬程式的體積十分細小，一般只有幾十 kb，因此，當這些程式植入了正常的軟件後，用户其實很難發現。現時在網絡上有一部份免費軟件，其本身便捆挷了這些木馬程式，當用户執行了這些軟件時，其實亦同時間執行了木馬程式。
除了通過附在軟件之中的形式進行傳播，木馬程式亦可通過一些軟件上的漏洞，例如最常見的瀏覽器漏洞，從而入侵目標用戶電腦。為了安全起見，現時仍可用作進行入侵的漏洞我們不會提及，不過以往常見可用來進行木馬入侵的漏洞有：Script 上的某些錯誤編寫、ActiveX、ASP、CGI 等等。
另外，駭客亦可直接針對網頁伺服器進行入侵，當成功入侵伺服器以後，便可直接於網頁中植入相關的惡意程式，並引導用戶下載木馬程式及執行，從而達致攻撃的效果，例如以往便可通過 IIS 之中的某些漏洞進行。
木馬植入系統後的行為
當木馬成功植入目標系統並執行後，一般會先將目標電腦的資料，例如是 IP、Port 狀態、系統資訊、密碼等資料傳送到駭客端，以便駭客完成入侵工作；而駭客則可通過木馬程式的伺服器端即時遙控遠端（受害人）的系統，從而進一步控制／更改目標系統的權限、一般設定、系統機碼以及當中的敏感資訊等。
木馬其實簡單來說就是一個簡化版的 Remote Control 的工具，而透過木馬程式，駭客便可隨意的控制被入侵一方的電腦系統，繼而作進一步的工作；由於在一般情況下，木馬本身在編寫時都會刻意研究可行的隱藏性，所以即使是資安專家，要從系統之中找出一隻木馬其實亦非易事。因此各位用戶必須隨時作好防禦措施，例如 安裝有效的防毒軟件，這樣才能夠有效地防止被木馬程式入侵而導致的種種危機。
